Les comptes de la totalité des recettes et dépenses du budget, ainsi que le bilan de l'Organisation, sont examinés par des commissaires aux comptes offrant toutes les garanties d'indépendance, nommés par le Conseil d'administration pour une période de cinq ans qui peut être prolongée ou renouvelée.

La vérification a lieu sur pièces et au besoin sur place. La vérification a pour objet de constater la légalité et la régularité des recettes et dépenses et de s'assurer de la bonne gestion financière. Les commissaires établissent après la clôture de chaque exercice un rapport qui contient une certification des comptes signée.

Le Président de l'Office européen des brevets soumet chaque année au Conseil d'administration les comptes de l'exercice écoulé afférents aux opérations du budget, ainsi que le bilan de l'actif et du passif de l'Organisation, accompagnés du rapport des commissaires aux comptes.

Le Conseil d'administration approuve le bilan annuel ainsi que le rapport des commissaires aux comptes et donne décharge au Président de l'Office européen des brevets pour l'exécution du budget.